Table 2 Differentiation of Brachyspira (B.) spp. following cultural isolation from rectal swabs or fecal samples. This table summarizes the results for the differentiation methods applied in the study
Sample ID | Culture | MALDI-TOFc (score) | MP-PCRd | Noxe sequencing | 16 S rRNAh sequencing | |||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
TSAa | FAAb | Noxe | abgBf | tnaAg | ||||
23 | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis | |
26 | +# | B. pilosicoli (2.29) | +# | +# | -ф | B. pilosicoli | B. pilosicoli | |
40 | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis | |
88 | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. pulli | B. pulli/murdochii/intermedia | |
96 | +# | +# | B. murdochii (1.97) | +# | -ф | +# | B. intermedia¥ | B. intermedia/hampsonii/hyodysenteriae |
102 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
108 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. pulli | B. pilosicoli/muris/murdochii/intermedia |
175 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
177 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
178 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. pulli | B. pulli/murdochii/intermedia |
179 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
184 | -ф | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. pulli | B. pulli/murdochii/intermedia |
283* | -ф | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
283.1* | +# | -ф | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
283.2* | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
283.3* | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
284 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
287 | +# | -ф | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
288 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | |
289 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
293 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
302 | +# | -ф | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | |
303 | +# | -ф | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. pulli | B. pulli/sp. |
313 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
330 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. canis | B. canis |
346 | +# | +# | NOIPi | +# | -ф | -ф | B. pulli | B. pulli/murdochii/intermedia |
352/7ǂ | +# | +# | B. pilosicoli (2.06) | +# | +# | -ф | B. pilosicoli | B. pilosicoli |
352/8ǂ | +# | +# | B. pilosicoli (2.08) | +# | +# | -ф | B. pilosicoli | B. pilosicoli |
352/9ǂ | +# | +# | B. pilosicoli (2.27) | +# | +# | -ф | B. pilosicoli | B. pilosicoli |