Skip to main content

Table 6 Breed-wise average allele frequencies in the high and low risk breed dataset

From: The ESR1 gene is associated with risk for canine mammary tumours

SNP Allele frequency (minor allele)
  Minor allele Boxer Cocker Spaniel Dachshund English Setter Standard Poodle Beagle Bernese Mountain Dog Collie Shetland Sheepdog
BRCA2 5UTR T 0.138 0.589 0.682 0.177 0.167 0.244 0.904 0.524 0.330
BRCA2 EX 5 C 0.130 0.848 0.292 0.160 0.720 0.141 0.684 0.055 0.011
BRCA2 EX 11 G 0.202 0.141 0.417 0.020 0.100 0.160 0.245 0.556 0.436
BRCA2 INT 18-19 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.463 0.117
BRIP1 INT 8-9a G 0.660 0.000 0.021 0.000 0.010 0.021 0.020 0.000 0.000
BRIP1 INT 15-16 T 0.652 0.000 0.021 0.000 0.010 0.021 0.020 0.000 0.000
BRIP1 EX 19b T 0.872 0.705 0.187 0.120 0.837 0.489 0.204 0.033 0.809
CHEK2 INT 5-6 G 0.033 0.159 0.073 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
CHEK2 INT 8-9 G 0.670 0.120 0.271 0.270 0.050 0.064 0.073 0.000 0.021
ESR1 EX 2 T 0.967 0.772 0.729 0.410 0.310 0.670 0.102 0.213 0.234
ESR1 EX 4 G 0.011 0.043 0.000 0.000 0.240 0.053 0.000 0.791 0.766
ESR1 INT 7-8a A 0.000 0.083 0.044 0.600 0.000 0.000 0.942 0.000 0.000
ERBB2 INT1-2 T 0.106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
ERBB2 INT 3-4 G 0.033 0.326 0.365 0.720 0.173 0.223 0.918 0.637 0.936
ERBB2 INT 8-9 G 0.043 0.318 0.052 0.020 0.000 0.109 0.000 0.000 0.000
ERBB2 INT 12-13b A 0.915 0.533 0.542 0.240 0.230 0.798 0.071 0.225 0.043
ERBB2 EX 13a G 0.223 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
ERBB2 EX 13b T 0.926 0.533 0.531 0.240 0.230 0.798 0.071 0.233 0.043
ERBB2 EX 14 A 0.021 0.250 0.260 0.460 0.260 0.170 0.561 0.451 0.870
PTEN INT 3-4 G 0.021 0.413 0.031 0.450 0.040 0.128 0.000 0.538 0.734
PTEN INT 7-8 A 0.000 0.076 0.000 0.470 0.340 0.128 0.010 0.544 0.766
PTEN EX 9 T 0.000 0.076 0.000 0.450 0.020 0.128 0.000 0.538 0.734
STK11 INT 1-2 T 0.394 0.348 0.156 0.010 0.310 0.213 0.745 0.467 0.011
\