Table 5 Compilation of the PCR, sequencing, and microarray results from the vaginal swabs of the unvaccinated flocks
From: High frequency of chlamydial co-infections in clinically healthy sheep flocks
| Â | Chlamydiaceae | Chlamydiaceaespecies identification | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Â | detection method [# positive vs. # tested sample] | detection method [# positive vs. # tested sample] | species detected$ | ||||||||
flock # | 23 S RT PCR§ | nested PCR | positive vaginal swabs | species-specific RT PCR | sequencing CHOMP | microarray | ps | pc | ab | m |  |
1 | 2/11 | 2/11 | 3/11 | 3/11 | 1/11 | 1/11 | 2 | - | - | 1 | ab,ps |
2 | 0/11 | 1/11 | 1/11 | 1/11 | - | - | 1 | - | - | - | ps |
3 | 1/11 | 1/11 | 2/11 | 2/11 | - | - | 1 | - | - | 1 | ab,ps |
4 | 0/11 | 1/11 | 1/11 | 0/11 | 1/11 | - | 1 | - | - | - | ps |
5 | 6/11 | 3/11 | 9/11 | 9/11 | - | 1/11 | - | - | 3 | 6 | ab,ps |
6 | 5/11 | 0/11 | 5/11 | 3/11 | 2/11 | - | 5 | - | - | - | ps |
7 | 1/11 | 3/11 | 4/11 | 2/11 | 4#/11 | - | 3 | - | - | - | ps, su# |
8 | 1/11 | 0/11 | 1/11 | 1/11 | - | - | - | - | - | 1 | ab,ps |
9 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
10 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
11 | 1/11 | 0/11 | 1/11 | 1/11 | - | 1/11 | - | - | 1 | - | ab |
12 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
14 | 1/11 | 0/11 | 1/11 | 1/11 | - | 1/11 | - | 1 | - | - | pc |
15 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
16 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
17 | 11/11 | - | 11/11 | 11/11 | - | - | - | - | 11 | - | ab |
18 | 0/11 | 1/11 | 1/11 | 0/11 | 1/11 | - | - | - | 1 | - | ab |
20 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
21 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
22 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
23 | 1/11 | - | 1/11 | 1/11 | - | 1/11 | - | - | 1 | - | ab |
24 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
25 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
26 | 0/11 | 2/11 | 2/11 | 1/11 | 1/11 | - | - | - | 2 | - | ab |
27 | 1/11 | - | 1/11 | 1/11 | - | - | - | - | 1 | - | ab |
29 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
32 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
33 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
34 | 6/11 | 0/11 | 6/11 | 6/11 | - | - | - | - | 6 | - | ab |
35 | 1/11 | 1/11 | 2/11 | 2/11 | - | 1/11 | - | - | 2 | - | ab |
37 | neg. | - | 0/11 | - | - | - | - | - | - | - | - |
40 | 1/11 | - | 1/11 | 1/11 | - | - | - | 1 | - | - | pc |