Identification of a novel porcine Teschovirus 2 strain as causative agent of encephalomyelitis in suckling piglets with high mortality in China

Liang, Wenqi; Wu, Xiangdong; Ding, Zhen; Zhong, Shengwei; Qian, Xinjie; Ye, Pei; Liu, Hao; Chen, Zheng; Zhang, Jinhua; Cao, Huabin; Hu, Guoliang; Luo, Junrong; Li, Zuohua; Ding, Nengshui; Hu, Ruiming

doi:10.1186/s12917-022-03549-1

Table 2 Genetic distance of VP1 protein sequence of PTV-2 strains

From: Identification of a novel porcine Teschovirus 2 strain as causative agent of encephalomyelitis in suckling piglets with high mortality in China

	Strains	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28
1	PTV2 HeNZ1 (OL944705)
2	PTV2 Sek 49/99(AF296110.1)	0.067^a
3	PTV 2 CC2 (JF723985.1)	0.067	0.023
4	PTV 2 CC43 (JF724014.1)	0.063	0.027	0.035
5	PTV 2 CC44 (JF724015.1)	0.079	0.050	0.047	0.059
6	PTV 2 CC1 (JF723984.1)	0.071	0.027	0.004	0.039	0.050
7	PTV 2 CC59 (JF724022.1)	0.075	0.027	0.039	0.027	0.058	0.043
8	PTV 2 Vir 6793/83 (AF296108.1)	0.134	0.112	0.108	0.101	0.112	0.112	0.112
9	PTV 2 2-AK-III (AY392542.1)	0.138	0.087	0.100	0.101	0.100	0.104	0.104	0.055
10	PTV 2 12-PL (AY392541.1)	0.138	0.087	0.100	0.101	0.100	0.104	0.104	0.055	0.000
11	PTV 2 T80 (AF296087.1)	0.140	0.092	0.096	0.101	0.101	0.101	0.096	0.051	0.043	0.043
12	PTV 2 CC85 (JF724042.1)	0.142	0.134	0.125	0.135	0.138	0.129	0.138	0.116	0.100	0.100	0.101
13	PTV 2 Vir 480/87 (AF296109.1)	0.147	0.113	0.108	0.109	0.104	0.113	0.117	0.047	0.063	0.063	0.071	0.113
14	PTV 2 Stendal 2532(AY392537.1)	0.148	0.096	0.105	0.118	0.122	0.109	0.109	0.080	0.071	0.071	0.051	0.092	0.080
15	PTV 2 Vir 6711–12/83 (AF296107.1)	0.152	0.108	0.113	0.122	0.108	0.117	0.117	0.063	0.059	0.059	0.047	0.104	0.079	0.051
16	PTV 2 CC18 (JF723995.1)	0.153	0.135	0.135	0.140	0.131	0.140	0.135	0.076	0.105	0.105	0.105	0.140	0.084	0.131	0.101
17	PTV 2 CC26 (JF724002.1)	0.153	0.126	0.126	0.140	0.122	0.131	0.131	0.071	0.096	0.096	0.096	0.131	0.076	0.122	0.096	0.043
18	PTV 2 DS 183/93(AY392533.1)	0.157	0.113	0.117	0.126	0.130	0.122	0.126	0.105	0.075	0.075	0.080	0.035	0.105	0.084	0.084	0.148	0.131
19	PTV 2 JF613 (GU446660.1)	0.160	0.121	0.121	0.131	0.129	0.125	0.134	0.125	0.096	0.096	0.101	0.063	0.117	0.084	0.104	0.166	0.144	0.043
20	PTV 2 YC20 (MN094628.1)	0.160	0.134	0.125	0.135	0.129	0.129	0.138	0.079	0.096	0.096	0.096	0.067	0.075	0.113	0.108	0.118	0.101	0.059	0.075
21	PTV 2 HuN10 (MF170914.1)	0.160	0.121	0.129	0.131	0.142	0.134	0.134	0.121	0.083	0.083	0.096	0.067	0.121	0.092	0.092	0.171	0.153	0.043	0.043	0.087
22	PTV 2 HuN12 (MF170916.1)	0.160	0.121	0.129	0.131	0.142	0.134	0.134	0.121	0.083	0.083	0.096	0.071	0.121	0.084	0.092	0.166	0.148	0.047	0.039	0.091	0.019
23	PTV 2 HuN11 (MF170915.1)	0.160	0.121	0.129	0.131	0.142	0.134	0.134	0.121	0.083	0.083	0.096	0.067	0.121	0.092	0.092	0.171	0.153	0.043	0.043	0.087	0.000	0.019
24	PTV 2 HuN8 (MF170912.1)	0.160	0.121	0.129	0.131	0.142	0.134	0.134	0.121	0.083	0.083	0.096	0.071	0.121	0.084	0.092	0.166	0.148	0.047	0.039	0.091	0.019	0.000	0.019
25	PTV 2 HuN27(MF170931.1)	0.160	0.121	0.129	0.131	0.142	0.134	0.134	0.121	0.083	0.083	0.096	0.071	0.121	0.084	0.092	0.166	0.148	0.047	0.039	0.091	0.019	0.000	0.019	0.000
26	PTV 2 DS 756/93 (A63AY392534.1)	0.161	0.113	0.126	0.126	0.139	0.130	0.126	0.113	0.075	0.075	0.088	0.047	0.113	0.084	0.084	0.148	0.131	0.019	0.055	0.071	0.039	0.031	0.039	0.031	0.031
27	PTV 2 Vir 2018/87(GQ293229.1)	0.161	0.117	0.122	0.131	0.135	0.126	0.130	0.109	0.079	0.079	0.084	0.039	0.105	0.084	0.088	0.153	0.135	0.012	0.043	0.063	0.047	0.051	0.047	0.051	0.051	0.023
28	PTV 2 HuN7 (MF170911.1)	0.164	0.125	0.134	0.135	0.147	0.138	0.138	0.125	0.087	0.087	0.101	0.075	0.121	0.084	0.096	0.171	0.153	0.051	0.039	0.095	0.023	0.004	0.023	0.004	0.004	0.035	0.047
29	PTV 2 HuN30 (MF170934.1)	0.173	0.138	0.138	0.144	0.129	0.142	0.142	0.083	0.117	0.117	0.101	0.108	0.096	0.122	0.117	0.113	0.101	0.105	0.129	0.083	0.134	0.134	0.134	0.134	0.134	0.113	0.109	0.138

Note: The analysis included 29 amino acid sequences and was conducted using the Poisson correction model in MEGA 7. All positions containing gaps and missing data were eliminated. ^a: The genetic distances displayed in this table represent the number of base substitutions per site from between sequences

Back to article page

ISSN: 1746-6148

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com

BMC Veterinary Research

Contact us