Table 1 Method validation of the MALDI Biotyper of five bacterial pathogens showing the matching results with the 16 s rDNA sequencing, custom MSP and Bruker MSP database. The identity was calculated against NCBI database
Isolate number | Source | 16S rDNA sequencing | MALDI-TOF | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
Custom MSP database | Bruker MSP database | ||||||
Organism best match | % identity | Organism best match | Log score | Organism best match | Log score | ||
Streptococcus spp | |||||||
 S147-Ja | Nile tilapia | S. agalactiae | 100 | S. agalactiae | 2.999 | S. parauberis | 1.877 |
 S183-Ja | Red tilapia | S. agalactiae | 100 | S. agalactiae | 2.897 | S. parauberis | 1.665 |
 S187-Ja | Nile tilapia | S. agalactiae | 99 | S. agalactiae | 2.988 | S. agalactiae | 1.545 |
 S190-Ja | Red tilapia | S. agalactiae | 99 | S. agalactiae | 2.856 | S. agalactiae | 1.998 |
 SV1/1-Ja | Nile tilapia | S. agalactiae | 100 | S. agalactiae | 2.945 | S. agalactiae | 2.019 |
 S71 | Red tilapia | S. agalactiae | 99 | S. agalactiae | 2.244 | S. urinalis | 1.666 |
 S96 | Red tilapia | S. agalactiae | 100 | S. agalactiae | 2.377 | S. agalactiae | 1.756 |
 S100 | Nile tilapia | S. agalactiae | 99 | S. agalactiae | 2.442 | S. agalactiae | 1.582 |
 S101 | Nile tilapia | S. agalactiae | 99 | S. agalactiae | 2.375 | S. parauberis | 1.829 |
 S102 | Nile tilapia | S. agalactiae | 98 | S. agalactiae | 2.544 | S. parauberis | 1.876 |
 S183 | Red tilapia | S. agalactiae | 100 | S. agalactiae | 2.388 | S. agalactiae | 1.716 |
 S184 | Red tilapia | S. agalactiae | 100 | S. agalactiae | 2.591 | S. agalactiae | 1.749 |
 S191 | Red tilapia | S. agalactiae | 99 | S. agalactiae | 2.347 | S. urinalis | 1.564 |
 S195 | Nile tilapia | S. agalactiae | 97 | S. agalactiae | 2.455 | S. agalactiae | 1.632 |
 S198 | Nile tilapia | S. agalactiae | 99 | S. agalactiae | 2.544 | S. agalactiae | 1.908 |
 NS12-Ja | Red tilapia | S. iniae | 100 | S. iniae | 2.898 | S. agalactiae | 1.432 |
 NS70-Ja | Nile tilapia | S. iniae | 100 | S. iniae | 2.988 | S. agalactiae | 1.688 |
 NS74-Ja | Barramundi | S. iniae | 100 | S. iniae | 2.878 | S. parauberis | 1.987 |
 NS76-Ja | Barramundi | S. iniae | 99 | S. iniae | 2.999 | S. pyogenes | 1.555 |
 NS185-Ja | Barramundi | S. iniae | 99 | S. iniae | 2.778 | S. parauberis | 1.654 |
 NS11 | Nile tilapia | S. iniae | 98 | S. iniae | 2.376 | S. agalactiae | 1.997 |
 NS18 | Nile tilapia | S. iniae | 100 | S. iniae | 2.419 | S. agalactiae | 1.707 |
 NS26 | Red tilapia | S. iniae | 99 | S. iniae | 2.534 | S. pyogenes | 1.728 |
 NS34 | Barramundi | S. iniae | 96 | S. iniae | 2.544 | S. agalactiae | 1.886 |
 NS50 | Barramundi | S. iniae | 97 | S. iniae | 2.308 | S. pyogenes | 1.679 |
 NS84 | Barramundi | S. iniae | 98 | S. iniae | 2.118 | S. pyogenes | 1.679 |
 NS85 | Barramundi | S. iniae | 98 | S. iniae | 2.445 | S. agalactiae | 1.864 |
 NS89 | Red tilapia | S. iniae | 99 | S. iniae | 2.342 | S. agalactiae | 1.975 |
 NS90 | Red tilapia | S. iniae | 100 | S. iniae | 2.221 | S. agalactiae | 1.873 |
 NS91 | Nile tilapia | S. iniae | 100 | S. iniae | 2.464 | S. parauberis | 1.593 |
Aeromonas spp | |||||||
 A28-Ja | Nile tilapia | A. hydrophila | 100 | A. hydrophila | 2.978 | A. veronii | 1.495 |
 A29-Ja | Hybrid catfish | A. hydrophila | 100 | A. hydrophila | 2.991 | A. veronii | 1.767 |
 A49-Ja | Red tilapia | A. hydrophila | 100 | A. hydrophila | 2.965 | A. hydrophila | 1.869 |
 A50-Ja | Nile tilapia | A. hydrophila | 100 | A. hydrophila | 2.889 | A. ichthiosmia | 2.094 |
 A84-Ja | Snakehead fish | A. hydrophila | 100 | A. hydrophila | 2.945 | A. hydrophila | 1.755 |
 A90 | Nile tilapia | A. hydrophila | 99 | A. hydrophila | 2.312 | A. veronii | 2.018 |
 A108 | Hybrid catfish | A. hydrophila | 100 | A. hydrophila | 2.464 | A. hydrophila | 1.956 |
 A109 | Red tilapia | A. hydrophila | 100 | A. hydrophila | 2.115 | A. hydrophila | 1.848 |
 A110 | Snakehead fish | A. hydrophila | 98 | A. hydrophila | 2.394 | A. hydrophila | 2.181 |
 A112 | Snakehead fish | A. hydrophila | 98 | A. hydrophila | 2.601 | A. hydrophila | 2.011 |
 A114 | Nile tilapia | A. hydrophila | 97 | A. hydrophila | 2.451 | A. veronii | 1.995 |
 A115 | Nile tilapia | A. hydrophila | 97 | A. hydrophila | 2.551 | A. ichthiosmia | 2.045 |
 A120 | Hybrid catfish | A. hydrophila | 99 | A. hydrophila | 2.009 | A. veronii | 1.454 |
 A126 | Snakehead fish | A. hydrophila | 100 | A. hydrophila | 2.567 | A. veronii | 1.777 |
 A127 | Snakehead fish | A. hydrophila | 99 | A. hydrophila | 2.301 | A. shigelloides | 1.985 |
 SB1-Ja | Nile tilapia | A. veronii | 100 | A. veronii | 2.969 | A. hydrophila | 1.559 |
 SB2-Ja | Nile tilapia | A. veronii | 99 | A. veronii | 3.000 | A. shigelloides | 1.997 |
 SB3-Ja | Barramundi | A. veronii | 99 | A. veronii | 2.897 | A. veronii | 1.787 |
 SB4-Ja | Barramundi | A. veronii | 100 | A. veronii | 2.888 | A. veronii | 1.945 |
 SB7-Ja | Red tilapia | A. veronii | 98 | A. veronii | 2.899 | A. shigelloides | 1.658 |
 SB5 | Nile tilapia | A. veronii | 98 | A. veronii | 2.327 | A. ichthiosmia | 2.027 |
 SB6 | Nile tilapia | A. veronii | 100 | A. veronii | 2.454 | A. hydrophila | 1.787 |
 SB8 | Barramundi | A. veronii | 98 | A. veronii | 2.382 | A. hydrophila | 1.844 |
 SB9 | Barramundi | A. veronii | 98 | A. veronii | 2.511 | A. veronii | 1.906 |
 SB10 | Barramundi | A. veronii | 97 | A. veronii | 2.377 | A. veronii | 1.733 |
 SB12 | Barramundi | A. veronii | 100 | A. veronii | 2.401 | A. veronii | 1.667 |
 SB13 | Barramundi | A. veronii | 99 | A. veronii | 2.359 | A. hydrophila | 1.872 |
 SB14 | Barramundi | A. veronii | 97 | A. veronii | 2.228 | A. ichthiosmia | 1.560 |
 SB15 | Barramundi | A. veronii | 100 | A. veronii | 2.553 | A. veronii | 1.924 |
 SB17 | Barramundi | A. veronii | 100 | A. veronii | 2.198 | A. veronii | 1.855 |
Edwardsiella tarda | |||||||
 Ed10-Ja | Hybrid catfish | E. tarda | 100 | E. tarda | 2.899 | E. tarda | 2.000 |
 Ed12-Ja | Hybrid catfish | E. tarda | 100 | E. tarda | 2.932 | E. tarda | 1.887 |
 Ed14-Ja | Nile tilapia | E. tarda | 99 | E. tarda | 2.984 | E. tarda | 1.666 |
 Ed16-Ja | Nile tilapia | E. tarda | 98 | E. tarda | 3.000 | E. hoshinae | 1.669 |
 Ed18-Ja | Nile tilapia | E. tarda | 100 | E. tarda | 2.999 | E. hoshinae | 1.842 |
 Ed8 | Hybrid catfish | E. tarda | 99 | E. tarda | 2.382 | E. hoshinae | 1.584 |
 Ed9 | Hybrid catfish | E. tarda | 100 | E. tarda | 2.367 | E. hoshinae | 1.624 |
 Ed11 | Hybrid catfish | E. tarda | 98 | E. tarda | 2.203 | E. hoshinae | 1.782 |
 Ed17 | Nile tilapia | E. tarda | 99 | E. tarda | 2.471 | E. tarda | 1.977 |
 Ed20 | Nile tilapia | E. tarda | 100 | E. tarda | 2.457 | E. tarda | 1.945 |
 Ed23 | Hybrid catfish | E. tarda | 98 | E. tarda | 2.457 | E. tarda | 2.254 |
 Ed25 | Hybrid catfish | E. tarda | 100 | E. tarda | 2.342 | E. tarda | 1.963 |
 Ed27 | Nile tilapia | E. tarda | 100 | E. tarda | 2.264 | E. tarda | 2.014 |
 Ed30 | Nile tilapia | E. tarda | 100 | E. tarda | 2.445 | E. tarda | 2.002 |
 Ed31 | Nile tilapia | E. tarda | 100 | E. tarda | 2.116 | E. tarda | 1.956 |