Target gene | Primer name | Primer Sequence (5’-3’) | Annealing temp (°C) | Amplicon size (bp) | Reference |
---|---|---|---|---|---|
16S rRNA | ge3a | CACATGCAAGTCGAACGGATTATTC | 55 | 932 | [25] |
 | ge10r | TTCCGTTAAGAAGGATCTAATCTCC |  |  | |
 | ge9f | AACGGATTATTCTTTATAGCTTGCT | 55 | 546 | |
 | ge2 | GGCAGTATTAAAAGCAGCTCCAGG |  |  | |
Msp4 | MAP4AP5 | ATGAATTACAGAGAATTGCTTGTAGG | 54 | 849 | |
 | MSP4AP3 | TTAATTGAAAGCAAATCTTGCTCCTATG |  |  | |
 | msp4f | CTATTGGYGGNGCYAGAGT | 55 | 381 | |
 | msp4r | GTTCATCGAAAATTCCGTGGTA |  |  | |
16S rRNA | EE-1 | TCCTGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGC | 50 | 1433 | [23] |
 | EE-2 | AGTCACTGACCCAACCTTAAATGGCTG |  |  | |
 | EE-3 | GTCGAACGGATTATTCTTTATAGCTTGC | 50 | 926 | |
 | EE-4 | CCCTTCCGTTAAGAAGGATCTAATCTCC |  |  | |
groEL | EL(569)F | ATGGTATGCAGTTTGATCGC | 62 | 624 | |
 | EL(1193)R | TCTACTCTGTCTTTGCGTTC |  |  | |
 | EL(569)F | ATGGTATGCAGTTTGATCGC | 56 | 573 | |
 | EL(1142)R | TTGAGTACAGCAACACCACCGGAA |  |  | |
16S rRNA | EC9 | TACCTTGTTACGACTT | 55 | 1462 | [35] |
 | EC12a | TGATCCTGGCTCAGAACGAACG |  |  | |
 | SSAP2f | GCTGAATGTGGGGATAATTTAT | 55 | 641 | |
 | SSAP2r | ATGGCTGCTTCCTTTCGGTTA |  |  |