Table 1 Genotypes of MAP isolates in this study and their origins
| Â | Â | Genotyping method | Â | Â | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Isolate No. | Genotype No. | No. of MIRU repeats (Product size) | Short sequence repeats (Number) | IS1311/REA type | Herd code | DISTRICT | ||||
MIRU 2 | MIRU 3 | VNTR 32 | Locus 1 | Locus 2 | Locus 8 | |||||
MapUg1 | 1 | 9(350) | 1(198) | - | - | 12 G | GGTtgtGGT | B | 020 | Wakiso |
MapUg2 | 2 | 15(520) | 1(198) | - | - | 11 G | GGTtgtGGT | X | 058 | Luwero |
MapUg3 | 3 | - | - | - | - | 11 G | GGTtgtGGT | B | 013 | Wakiso |
MapUg4 | 4 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | - | 11 G | GGTtgtGGT | X | 018 | Wakiso |
MapUg5 | 5 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | - | 10 G | GGTcgtcgt | C | 022 | Wakiso |
MapUg6_ | 6 | 15(520) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | GGTtgtGGT | C | 023 | Wakiso |
MapUg7 | 7 | 7(300) | 5(300) | 9(300) | 7 G | 10 G | 4GGT | C | 030 | Wakiso |
MapUg8 | 8 | 15(520) | 5(300) | 9(300) | 7 G | 11 G | GGTtgtGGT | C | 044 | Luwero |
MapUg9 | 8 | 15(520) | 5(300) | 9(300) | 7 G | 11 G | GGTtgtGGT | C | 038 | Mpigi |
MapUg10* | 9 | 15(520) | 5(300) | 9(300) | - | 11 G | GGTtgtGGT | C | 033 | Mpigi |
MapUg11 | 10 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 4GGT | C | 048 | Masindi |
MapUg12 | 10 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 4GGT | C | Abattoir | Kampala |
MapUg13 | 10 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 4GGT | C | Abattoir | Kampala |
MapUg14 | 10 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 4GGT | C | Abattoir | Kampala |
MapUg15 | 10 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 4GGT | C | Abattoir | Kampala |
MapUg16 | 10 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 4GGT | C | Abattoir | Kampala |
MapUg17 | 10 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 4GGT | C | Abattoir | Kampala |
MapUg18 | 10 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 4GGT | C | Abattoir | Kampala |
MapUg19 | 10 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 4GGT | C | Abattoir | Kampala |
MapUg20 | 10 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 4GGT | C | Abattoir | Kampala |
MapUg21 | 11 | 9(350) | 5(300) | 9(300) | 6 G | 10 G | 2GGT | C | Abattoir | Kampala |